Hoekstra is sinds 1986 verbonden aan de Universiteit Maastricht. Als academiseringscoördinator speelde hij een belangrijke rol bij het academiseren van het toenmalige Riagg Maastricht en het opzetten van een infrastructuur voor fundamenteel onderzoek naar allerlei vormen van psychopathologie en de behandeling daarvan. Later vloeide hier de onderzoeksschool Experimentele Psychopathologie (EPP) uit voort, waar hij van 2001-2006 directeur bedrijfsvoering was.
Hoekstra schoof hiervoor zijn eigen onderzoeksambities aan de kant, schrijft FPN-decaan Harald Merckelbach in de aanbevelingsbrief aan de Commissie Medallion of Honour. In de brief roemt Merckelbach Hoekstra’s inzet, kennis en netwerk die onder andere hebben geholpen bij de overgang van de onderzoeksschool EPP, vakgroep Differentiële, Medische en Klinische Psychologie en opleiding Mental Health van de Faculty of Health, Medicine and Life Sciences naar FPN. Ook vertegenwoordigde Hoekstra de UM in de Raad van Toezicht van Rino-Zuid, een opleidingsinstituut voor GZ- en klinisch psychologen.
De laatste jaren was Hoekstra betrokken bij de totstandkoming van Scannexus en was hij verantwoordelijk voor de veiligheidsmaatregelen voor laboratorioumonderzoek tijdens de coronacrisis.